博士課程1年終了

大分更新の期間が空いてしまったけど何とか復活。

毎日何かに追われていました。。(-_-;)

博士課程は辞めなければ留年ということはないので（たぶん）、そろそろ進学ということになると思う。

振り返ってみるとやはり「家庭」＋「仕事」＋「大学院」はかなり時間的にハード。

どれも大事にしたいけど、疲れていて気を抜くと、

どれかがおろそかになってしまうことがあったなぁ。反省。。。

とはいえ、人生の構成要素（「家族」、「仕事」、「大学院」など）が増えると

それぞれに対しての意識や力の入れ具合などの濃度は分散されるわけではなく、濃くなるような気がする。

それぞれにかける時間はどうしても分けてるので 減るけど、

人生の濃度の総量としては増える、というイメージでしょうか。

1年で成長したこと

という感じでなんとか1年終了するので、

1年前の比べて成長したと思われることを考えてみる。

まず・・実験手技のレベルアップ。

ほんと実験の右も左もわからなかったのでかなり初歩的な内容になってしまうが、マイクロピペットの使い方、細胞継代、終濃度計算、Ca蛍光強度測定、RT-PCR、ELIZAがまあまあできるようになるなど、実験手技がレベル0→0.2くらいにはなった（と思う）。

あとはexcel。

ほぼexcelのセルをマス目としてしか使えなかったレベルから

excelを使ってグラフを作ったり、関数を多少使えるようにはなったかな。。。

論文の読み方レベル0→0.5くらいにはなった。。。はず。

書いてて恥ずかしくなってきたけど、1年でできるようになったのはこのくらい。

反省点・できてないこと

できていないこととして真っ先に思いつくのが

自分で研究のテーマを理解しきれていないということと、実験だけやって実験の結果をまとめ切れていないということ。

実験系を自分だけで組み立てることもできていない。。

これでいいのか。。。（いいわけない((*_*

あと論文を読めていない。これも致命的。

インプットがなければテーマの肉付けもできず、周辺情報や新規性も見えてこない。

少しずつでもやらないとなぁ。。。

2年目の目標

今年は研究テーマ関連の勉強、論文検索にも力を入れたい。

やるのは当たり前で必須のことだけど1年目は全然できていなかった(-_-;)

あとは学会発表。外部で発表できるレベルでひとつまとめたい。

やはりアウトプットは視野にいれないとインプットの意味がない。

……と、思う。

終濃度が難しい

実験を10数年ぶりにやることになって数か月。

いろんな知識の壁に気づかされたけど、

自分が苦手なんだと特に感じたのは「濃度計算」。

薬剤師って案外、濃度を計算することが少ない。

しても薬剤を輸液に入れると何%になるかという単純なやつ。

そのくらいだとまあわかるけど、実験をするようになって初めて「終濃度」という考え方を知った (-_-;)

使う試薬は液体になっているので当然濃度がある。それを培地などの液体に入れると、さらに希釈される。そこで何かの反応を観察しますが、その濃度が終濃度（final concentration）。

「試薬」＋「試薬を入れられる環境（培地など）」の濃度が、何かの反応している条件となるのでそれがわからないと実験結果として記録できない。

というのが考え方。そりゃそうだ。

臨床では血中濃度という概念があるけど、「薬を入れられる環境」＝「人体」になり、そこがブラックボックスになるので実際に濃度を測定することでしか血中濃度＝終濃度がわからない。終濃度を”計算”することがない（できない）のである。

in vitroでは計算できるので計算しないといけないのだが、この計算がパッとできない。

頭が悪すぎて嫌になる。

これが苦手なのって基礎研究やる身としては致命的では・・・。

実験ではわかるのは「試薬の濃度」と「試薬を入れられる環境の液量」である。

ストックしてある試薬はどの濃度になっていて、今回の実験ではそれをさらにどの濃度に希釈して何ｍLの環境に入れると必要な終濃度となるのか、ということを数種類の濃度で考えないといけない。

測定する試薬の濃度が1μLだとマイクロピペットでも誤差がありそうだから10μLとれるようにさらに薄めようとか考えると、もう。。。

これって実験する準備段階なので、そこでつまづいてるようなやつが博士目指すとか言うの恥ずかしい。

……本当にすいません。

終濃度が計算できないようなやつですが、まあなんとかやっていこうと思います。

研究のかきくけこ

緊急事態宣言が解除となり自粛ムードが緩和された頃、研究活動の方も動き出すこととしました。

やるのは基礎研究なので、THE 実験。

10数年振りのTHE 実験ということでマイクロピペットの使い方すらままならない状態。

μLを測るという感覚、どの量だとどのマイクロピペットを使うのか？というヨチヨチ歩き状態で始まりました。

基礎の実験というのは目に見えないことをやるので、理論とか、実験の意味とか、手技の意味とかが分からないとホント頭がぐちゃぐちゃになります。

どうしたらイオンチャネルが開いて、どの濃度の試薬をどのくらいの時間で使うととどういう効果がありそうか、さらにその後のセカンドメッセンジャーなどにどういう影響があるか・・・ということをひとつひとつ確かめていく作業。

ついていくのがやっと。というかついていけてない気がする。

こんなやつが博士課程とか行っていいのかい。

くじけそう。

そんな中、インターネットで「科学研究のかきくけこ」という研究のやり方の基本をまとめた言葉があるようなので紹介。

自分のような研究素人や小学生の自由研究にも使えます。

科学研究のかきくけこ

かきくけこは以下の項目の頭文字。

か：観察する

き：記録する

く：比べる

け：検討する

こ：考察する

順番はともかくこの5項目は、必須の項目のようです。

言われればそうりゃそうだなという感じではあるけど意識するのは大事。

か：観察する

これは実験の全行程において常に意識しないといけないことです。

どういう実験をしたらどういう事象が起きたのか。その実験のときに使った細胞は何で、どういう濃度のどういう試薬をつかったのか。正しい試薬を正しい手技で使えたか。

とにかく一挙手一投足を常に正しく意識しないと結果に影響します。意識し忘れると結果が正しいものなのかどうなのかも後では検証できないこともあるし。

き：記録する

実験はやるだけではなく記録することが大事。

ノートでもデータでもなんでもいいから、やったことを他人が見てもわかるように記録する。

実験でどういう数値が得られてそれがどういうことを意味していると思われるか。

記録することで自分が理解できているかどうかもはっきりします。

く：比べる

実験にとにかく比較は必須。比べなければその数値は、増えたのか、減ったのか、同じなのかがわからない。

当たり前だけど、普段見るニュースとかでもこれができていないことが多いです。

数字はひとつだけではほとんど意味をなさない。2つ以上を比べることによって機能が発揮されます。比べましょう。

け：検討する

結果を得るためにどういう実験をした方がいいのか。どういう試薬を使うといいのか。どういう条件でするといいのか。試行錯誤。

こ：考察する

結果をみて、それがどういう意味なのか。どういったことにつながるのか。

さらにどういう実験をしたほうがいいのか。

これも全行程において必要。

実験する前も「こういう結果が得られるだろう」ということは意識しながらやる必要があります。

特に「く：比べる」は薬剤師の学会でも意識できてない発表は多い印象だし、いろんなところで忘れられてるような気がする。意識しましょう。

というわけで素人ながら、「かきくけこ」は大事だなと思った次第です。

以上。

わからないを知ってもらう

講義を受けたり先生と話をしていると、毎回「わからないこと」がたくさん出てくる。

ほんと一言一言がわからないことも多々ある。 

「わからない」側としては、その「わからない」がどの程度のレベルなのかが気になるときもあるが「わからない」のでその場ではわかりようもない。

あとで調べればよい場合もあるし、あまりにも「わからない」が多すぎると話が進まないのでその場で質問する時も多い。

わからなすぎると質問を言葉にするのも難しいけど。

もちろん聞いた後には自分で調べ直すことは大事。言われたことを確認する作業は前に進む上で大切な姿勢だと思っている。

まあとにかく自分のような学術初心者が先生たちと話すときに意識していることがひとつある。

それは、

「自分のわからないレベルがどのくらいか相手に知ってもらうこと」

である。

自分と比べ先生方ははるかに学術的に見識が広い。思考の解像度が一般人よりも鮮明である。2000万画素。それに対してこっちは５画素くらい。ぼんやりとしか見えてない。

相手が2000万画素で話してきても、こちらは5画素の情報しか見えていないので情報をたくさん取りこぼしてしまう。

意味不明なたとえになってしまったがそんな感じ。

もちろん先生方はピントを合わせて話してくれてると思うけど、

「こっちはそれよりもさらに見えてるものが粗いんです、レベルの低さが違うんです！」

と、いうことをしっかり思い知らせることが、まじめに学ぼうとする全学生に必要だと思う。

これは自分が教える立場になるとわかる。

何がわからないのか、何がわかったのかが、本当にわからないということがわかる。

何でもいいから質問してくれ、わからないのに頷かないでくれ。何がわからないことなのかを教えてくれーー！

そんな風に先生方も思っているに違いない。

わからないを知ってもらう。それがたぶん人から学ぶときに大事。

思考の解像度を上げたい

コロナ時代の新しい生活様式の中でオンライン授業で「講義」が始まり数回が終わった。

「教授」という立場の人と話したことがこれまでほとんどなかったが、毎回刺激がある。

日常の業務の中でも刺激をくれる人というのは出会うことがあるが、種類が違う。

臨床では「科学」がおろそかになっていると感じることが多い。

薬の効果や副作用の判断は「科学」ではなく「経験」に寄りすぎてしまっているなあと感じることが多い。

それが良いか悪いかはわからないけど、科学的思考がある介入とない介入の差は普段目に見えない。

見えないのでなかなかそれを追求する意義につながりづらいのだろう。

しかもわからない人にそれを伝えるのはなかなか至難の業。

その壁を越えた人とはあまり出会うことがない。

「科学側」のことを考える時には自分の中だけで考えることになる。

大学の先生は当然「科学側」なのでそういう話ができること自体がまずありがたい。

なんでもそうだけど何かを考えたり調べたりする時には一人では限界がある。

google先生はいろいろ知ってるけど検索する人が知らないキーワードについてはなかなか辿り着くのは難しい。

キーワードについても自分が知っている世界の中だけで考えなければいけないので思考の幅は狭くなる。

そこを普段、周りにいない「科学側」で考えられる人と話すと、今まで広がらなかった方向に世界は広がる。

広がるといっても自分の力量ではその全てを捉えきれないけど

そこが足掛かりになって自分でも調べられる新しい世界の入口になる。

その広げられる人たちがいる環境に身を置けることが大学院進学のメリット

だと思う。

そういう先生方とコミュニケーションがとれて、より深い考察ができるようになる。

思考の解像度が上がる。それが大学院。

まだまだ何かをやってもわからないことだらけ。

わからないことに対しての思考の解像度を上げたい。

論文抄読初心者が考える基礎論文の読み方

 論文風に基礎の論文の読み方を考えてみた。初心者のくせに。

Introduction

まず、論文初心者が考える論文の読み方なんて参考になるわけがない。

しかし受講している講義で基礎論文の紹介をPowerpointですることになり、自分なりにやってみたことをここに書きたいと思う。

（自分の）Background

今まで臨床系は少し読んだことがあるけど基礎系はほぼ初めて。

英語うんぬんを置いといても全然わからない。英語もDeepL翻訳おまかせレベル。

読んでみたらわからなすぎて驚いた。

本当に何がわからないのかがわからない。

というレベルの超初心者の考えなのでご了承いただきたい。

Method

まず翻訳。英語のままで読めればいいけど、それができないので「翻訳作業をする」。

手順としては

「論文（PDF）をshaperにコピペしてDeepLで翻訳」。

shaperとはPDFの英語論文をDeepLなど翻訳ツールなどにコピペするとき、「行末のハイフネーションや改行が混ざっていて翻訳ミスが発生することがある」のでそれらを取り除くツールである。

 PDFじゃなければ必要ないかもしれないけどこれは便利。

 翻訳できたらそれを読んでみる。読んでみると言っても日本語になったとはいえ10ページ前後ある論文を頭から順番に読むのは効率が悪いので要点を読もうとしてみる。

最初に、ざっくり「アブストを読む」。読んで内容の要点を頭に置いておく。

次にイントロとかマテメソとかいろいろすっとばして「Fig.を読み解く」。そしてその解説文を本文の該当箇所と照らし合わせながら読んでみる。

Fig.は行った実験の結果なのでまずそこを理解することは論文読解に必須。

縦軸、横軸は何なのか、何を使って何を検出したのか。

測定方法は蛍光、発光、吸光のどれかなど。

そしてなぜその実験をしたのかを本文で探してみながら理解するよう頑張る。

その時「阻害剤」の使用はポイントになる。

「ここを阻害したらこうなったのでここはこれに必要」というやつ。

ただ、何が「阻害剤」なのかは初心者には難易度が高い。

あと初心者には、「なぜその実験手法なのか？」「なぜその試薬、細胞なのか？」

などがわからない。わからないけど、とりあえずそこは置いておく（これを独学で調べ出すとすごく時間がかかる）。

……でも自分で実験系を考える時には当然、必須(-_-;)）。

Fig.の意味を読み解くことがほとんどその論文の実験内容の全て（たぶん）なので、ここが一番時間がかかるし大変。

Fig.１つごとに1枚くらいでスライドを作る。

あとは「結果（conclusion）、考察（discussion）」 を読んでまとめる。

Fig.を一応理解すればここはそれほど時間はかからない。

各1枚くらいのスライドでまとめる。

そして最初の方に戻り「イントロ（Introduction）」も読んでみる。

ここもFig.を乗り越えた今なら比較的簡単だけど、

何が今までわかっていなかったことで、何がこの研究でわかろうとしていることなのかなど、この研究の位置づけが書いてあるのでそれを意識しながら1枚でまとめる。

ある意味ここが一番重要だと思う。そして結果、考察とのつながりも意識してスライド1枚にまとめる。

これでなんとか形にはなる（…と思う）。

（論文紹介の）Conclusion

初心者としてはまあまあな感じにはなる

（あくまで初心者の意見なので参考にならない）。

とはいえ担当教授の質疑にはほぼ答えられなかった…　

 （そりゃそうだ） 

Discussion

その論文のその領域における位置づけや新規性を理解することは超大事だが初心者にはなかなか難しい。これは経験値が必要だろう。

 あとはマテメソ。論文紹介という意味では優先順位は低めのような気がする。

（あくまで初心者の意見）

もちろん論文をちゃんと理解するためには必須だけど、ここをしっかりやるのは独学ではたぶん難しい（google検索レベルではすぐには答えに辿り着けない）。

まとめ

……これでいいのだろうか。　　

それしかない。

オンライン授業が始まった

新型コロナウイルスのおかげで世界は変わった

新型コロナウイルス。このウイルスの出現で世界は大分変わった。

今までこんなに世界が同時に変わったと感じることはなかった。

特に変わったことが、外出したり集まったりすることをしづらくなったことだろう。

いわゆる3密回避。

そのことでいろいろ影響を受けているところはあるだろうけど、特に飲食店は軒並みテイクアウトを始めるようになった。 

仕事もできるところはテレワーク、web会議システム。

病院はほぼテレワークはできないけど、会議自体がほとんどなくなった。

おかげで早く帰れる。

だいたいの会議は時間だけがとられてあまり意味がないことが多いので、これはよかった。

大学ではオンライン授業が始まった。

授業といっても大学院生の場合、受け身で講義を聴くだけというものはほとんどなくて（たぶん）、

論文紹介やそのディスカッションなど双方向で送発信をすることが多く、受講者も少人数なので、学生の中でも特にオンライン向きかもしれない。

オンライン授業はとにかく通学という無駄な時間がとられなくていい。

ネット環境さえあれば学校に行かなくて済む。社会人にとってこれは大きなメリット。

大学院生活でよく考えるのは時間の大切さ。ほんと痛感する。

働く時間、家事する時間、寝る時間。

子供も学校が休みで外出自粛中なので毎日家にいる。

一人の時間なんてほとんどない。

その合間での大学院の時間。とにかく時間が限られている。

論文読むのもなかなか進まない（言い訳）。

そんな中、通学時間がなくなるのは助かる。

授業の機能としても対面でやるのと比べて遜色がない、と思う。

通信トラブルさえなければ、PowerPointのプレゼンをするのと同じ感覚で授業はできる。それぞれのPC画面を共有できるので資料も相互で見せ合うこともできる。

オンラインの感想

かくして第1回オンライン講義は始まった。

講義の詳細は省くけど、初めてながらオンライン講義を受講して感じたことを書いてみる。ちなみに数名（5名以下）でgoogle meetを使用した。

①参加者は演者以外もweb会議システムの使い方、機能を予習しておく必要がある

これは初回だけ。

やってみて痛感したが、予習は絶対。あらかじめ機能を一通り試しておきたいところ。

参加の仕方、画面表示の仕方、音声のオンオフの仕方、PC画面の共有の仕方など。

やり方がわからなかった時は、参加者全員の時間をかなり浪費してしまう。

実際あったが、トラブルがあるとかなりあたふたしてしまう。

②開始時間にゆとりをもって準備する

時間はちゃんとする。

当たり前だけど対面ではないのでなんとなく緊張感が薄れてしまう気がする。

PCなど機器の準備も自分でするので余裕を持つ必要がある。

……ただ開始前の数分は参加だけでも謎の緊張感が出現してくる。 

③相槌のタイミングが難しい

どうでもよさそうだけど今回はカメラを使わなかったのでなんらかの”聞いてるよアピール”がないと演者も話しづらいのではないかという気がする。

演者にとって対面のときでも参加者の頷く動作があるだけでもかなり話しやすくなるが（個人の感想です）、顔も見えない状況だとちゃんと言葉の相槌があったほうがいい。それが話を遮る形になっても、あった方が自分なら嬉しい。

とはいえ表情が見えないのでタイミングは非常に難しい。

④受講場所、時間の確保 

自宅で受講するとなると音声の問題でその時間は家族と同じ部屋というわけにはいかないので場所を確保しなければならない。

あとその時間は片手間で受講はできないので、他の家のことはできないということを家族にも合意を得ておかないといけない。家にいるとその辺の線引きが曖昧になる可能性があるのでそこははっきりしておく必要がある。

一人暮らしなら何も問題はない。

 という感じだろうか。

最初は多少とまどいはあるが、移動時間の節約になるし、かなり便利。

コロナが落ち着いたらオンライン会議、講義は少なくなると思うけど、

選択肢としてはいろんな場面で上位には置いておいて欲しい。

オンライン万歳！